El Plan de estudios del Programa de Doctorado en Ingeniería y Ciencias Ambientales, se desarrolla en seis semestres académicos, durante los cuales el estudiante deberá aprobar como mínimo un total de 72 créditos, en un plan de estudios, que consta de cursos obligatorios y electivos, la modalidad de estudios es presencial, semipresencial, modular o híbrido de acuerdo con la naturaleza del curso a desarrollar. El Programa de doctorado otorga tres menciones, en función a las líneas de investigación desarrolladas por el estudiante a través de su trabajo de tesis. Estas menciones son:

1. Gestión eficiente del agua y suelo para la seguridad alimentaria
2. Cambio climático, uso de energías renovables y efectos en la salud ambiental
3. Economía circular, valorización y uso sostenible de los recursos