El origen de la Universidad Nacional Agraria se remonta a 1901, durante el gobierno del Presidente Eduardo López de Romaña, cuando se planificó y organizó la Escuela Nacional de Agricultura y Veterinaria (ENAV) en base a los estudios de una Misión Belga contratada por el gobierno peruano que llegó al Perú en Julio de ese año, compuesta por los Ingenieros Jorge Vanderghem, Enrique Van Hoorde, Víctor Marie y Juan Michel, así como el Médico Veterinario Arturo Declerck.
La inauguración oficial fue el 22 de Julio de 1902, como dependencia de la Dirección de Fomento, siendo Ministro del ramo Don Eugenio Larrabure Unanue. En 1912 se creó la Estación Central Agronómica con miras a desarrollar la experimentación agrícola y prestar servicio a los agricultores. Es así como, antes de cumplir quince años de fundación, la Escuela era ya una entidad que aplicaba los tres fines fundamentales de la Universidad: enseñanza, investigación y extensión.
El primer local asignado a la Escuela fue un pabellón del fundo Santa Beatriz, donde funcionó durante 30 años. En 1933 se trasladó al fundo de La Molina, en el Valle de Ate, permaneciendo allí hasta la fecha. La Ley Orgánica de Educación Pública de 1941 concedió a la Escuela la categoría de institución de enseñanza superior y consagró su autonomía pedagógica, administrativa y económica.
En 1960, la Ley Universitaria 13417 reconoció a la Escuela Nacional de Agricultura su rango universitario con la denominación Universidad Nacional Agraria La Molina.
En 1961, comenzaron a funcionar como organismos académicos, las siguientes facultades: Agronomía, Zootecnia, Ingeniería Agrícola y el Instituto de Investigaciones y Estudios Avanzados (hoy Escuela de Post Grado). El mismo año quedó sancionada la creación de la facultad de Ciencias y la de Ciencias Económicas y Sociales, que más adelante cambió su denominación por la de Ciencias Sociales y posteriormente por la de Economía y Planificación. Ambas Facultades iniciaron sus labores simultáneamente a comienzos de 1962. En 1963 inició sus actividades la facultad de Ciencias Forestales, en 1966 la Facultad de Pesquería, y en 1969 la Facultad de Industrias Alimentarias.
Posteriormente se organizaron los Institutos de Sierra, de Selva y de Investigaciones Forestales, como centros de enseñanza e investigación que abarcan campos afines a varias facultades para el estudio de problemas específicos.
La estructura de funcionamiento de la Universidad mantiene la departamentalización como unidad académica, siendo el núcleo de operaciones de investigación, enseñanza y proyección social, agrupando a profesores que cultivan disciplinas afines, bajo un sistema de currículo flexible.
La Universidad Nacional Agraria La Molina está regida por la Ley Universitaria Nº 23733, promulgada el 9 de diciembre de 1983, que reimplanta el sistema de Facultades, mantiene los Departamentos Académicos y deja en libertad a cada Universidad para que organice y establezca su propio régimen académico, de acuerdo con sus características y necesidades.
De acuerdo con la ley universitaria vigente, el gobierno de las universidades y de las facultades se ejerce por: Asamblea Universitaria, Consejo Universitario, Rector, y Consejo de Facultad y Decano