El objetivo de la especialidad de Fitopatología es fortalecer los procesos de la investigación académica y científica en nuestros alumnos mediante la formación académica de profesionales especialistas en Patología vegetal con capacidad para afrontar los problemas ocasionados por las enfermedades de plantas en la agricultura actual con un sentido de responsabilidad social. Busca desarrollar en nuestros egresados habilidades para: el diagnóstico de enfermedades de plantas; la identificación de nuevos patógenos que surgen en la agricultura; el monitoreo y evaluación de epidemias fitopatológicas con fines preventivos y de investigación; lograr el conocimiento de la fisiología del parasitismo y la etiología de las enfermedades; la implementación de estrategias de manejo de enfermedades mediante los componentes de control cultural, físico, genético, biológico y químico.