La Maestría en Ciencias Ambientales, inicia sus actividades un 15 de marzo del 2000 a través de la ratificación en Consejo Universitario de la resolución de creación de la Escuela de Posgrado, transformándose en la especialidad líder en las Ciencias Ambientales en el Perú. La Maestría es ofrecida en forma Interfacultativa, estando involucradas principalmente, las Facultades de Ingeniería Agrícola y Ciencias. Actualmente tiene un promedio de 203 alumnos matriculados.