Entre estos objetivos podemos mencionar: realizar trabajos de investigación  científica y tecnológica en las áreas de recursos y medio ambiente, pesca y acuicultura en el ámbito marino acorde con la problemática nacional y desarrollo pesquero; organizar y ejecutar eventos técnicos-científicos sobre investigaciones pesqueras, con la participación de científicos e investigadores de ambas instituciones.

El IMARPE como institución pública descentralizada del sector de la producción, tiene como finalidad realizar investigaciones científicas y tecnológicas del mar y de las aguas continentales.  Gracias a este convenio el IMARPE se compromete a recibir en su sede central, laboratorios costeros y contenientes así como en sus embarcaciones científicas a estudiantes, egresados y profesionales, con fines de investigación, capacitación y entrenamientos cortos o pasantías, en números acordados por las dos organizaciones.