El Programa de Maestría en Mejoramiento Genético de Plantas (PM en MGP) es una de las maestrías más antiguas en la UNALM. El origen específico de la maestría en Mejoramiento Genético de Plantas surge cuando una Junta de profesores, en la sesión del 11 de enero del año 1955, resuelve crear el Departamento de Estudios Avanzados, en dónde ubican la maestría en Genética que luego pasó a llamarse Especialidad de Mejoramiento Genético de Plantas, con la finalidad de preparar personal para la investigación agronómica, la enseñanza superior y las labores en las Estaciones Experimentales y grandes centros industriales. La Maestría estuvo conformada inicialmente por la asociación de diversos laboratorios y dependencias de la entonces Escuela Nacional de Agricultura (ENA) a partir de cuyos esfuerzos combinados permitirían que un grupo de estudiantes o profesionales con preparación, vocación y aptitud, pudiera familiarizarse con la alta técnica agrícola de ese entonces, entrenándose en alguna especialidad científica y lograsen prepararse para estudios superiores o de posgrado.

Inicialmente, la maestría estuvo operando con un programa curricular que estuvo vigente hasta inicios de los años setenta, época en la cual fue necesario incorporar en el currículo enfoques producidos por la Reforma Agraria, partiendo que el énfasis previo había sido puesto en cultivos agroindustriales como la caña de azúcar y el algodón y, con el cambio de tenencia de la tierra, había nuevas tendencias en el campo. A inicios de los años ochenta, el proceso de reforma agraria había terminado y comenzado una nueva era de mirar un campo con la civilidad y el inicio de otras demandas de productos agrícolas en el mundo. Sin embargo, algo que no cambio es la base estadística cuantitativa que había sido acuñada en el programa de estudios hasta la fecha. Transcurrieron los años y otros pensamientos ligados a los avances tecnológicos, produjeron que a comienzos de 1990, nuevas reformas educativas internas y el cambio de la economía mundial hacia la globalización condujeron a una amplia discusión tendiente a modificar los planes curriculares en la institución. El Directorio de la EPG aprobó la propuesta del cambio del Programa Curricular según Resolución EPG Nº 119/99.