Los criterios estarán enmarcados en los contenidos actitudinales, conceptuales y procedimentales, siendo incluido estos dos últimos de acuerdo a si la asignatura es de naturaleza teórica o teórica-práctica.

Los criterios actitudinales comúnmente consideradas en las asignaturas son la capacidad de trabajo autónomo y en equipo, además de la puntualidad, responsabilidad y honestidad en la elaboración de los productos de aprendizaje (no plagiarismo). Los criterios conceptuales y procedimentales son incluidos en las asignaturas de acuerdo a la decisión de los responsables correspondientes.

El egresado del PM en Mejoramiento Genético de Plantas durante los estudios sigue los siguientes criterios (en forma individual y grupal):

• Realiza el inventario de los recursos genéticos vegetales con solvencia técnica y aplicando los conceptos y procedimientos de acuerdo a la especie o especies en consideración, tomando en cuenta los principios éticos y morales, analizando y discutiendo con el profesor y condiscípulos en el trabajo en equipo.
• Produce variedades mejoradas mediante modelos, procedimientos y estadísticos de prueba que exponen las variancias genéticas, ambientales y las interactuantes (genotipo x ambiente).
• Formula proyectos de investigación en mejoramiento de plantas para condiciones de campo, laboratorio o condiciones controladas.
• Maneja proyectos de investigación aplicando los conocimientos de las ciencias conexas como la genética, ecología, fisiología, estadística, botánica, agrotecnia, entre otras, relacionadas al Fito mejoramiento.
• Evalúa material vegetal nativo o exótico según el sistema de reproducción, mecanismos de auto- o alo- incompatibilidad, nivel de ploidia, en otros aspectos propios de las especies vegetales.
• Valora la conservación de los recursos genéticos in situ y ex situ, teniendo en cuenta las formas de propagación, diversidad y variabilidad de las especies vegetales.

El cumplimiento de estos criterios está sujeto a la implementación de las estrategias de enseñanza y aprendizaje dadas para cada parte del proceso de enseñanza y aprendizaje:

Las estrategias usadas en el proceso enseñanza-aprendizaje corresponden a las metodologías y a las herramientas de trabajo dentro y fuera del aula. En el caso de las metodologías dentro del aula corresponden a aquellas activas y colaborativas que resultan en la participación organizada de los estudiantes en las sesiones de clases. Tres de las metodologías consideradas por los profesores adscritos al PM en MGP comprenden el aprendizaje basado en proyectos (ABPy) y aprendizaje basado en problemas (ABP). En el primero (ABPy), los profesores organizan y planifican el desarrollo de trabajos de investigación de corta duración, los cuales son conducidos por los estudiantes bajo la orientación del responsable de la asignatura. El trabajo académico termina con  un informe técnico y la presentación de los resultados en forma individual o grupal. En el segundo (ABP) organiza y planifica el trabajo académico a partir de un tema actual vigente asignando preguntas donde los estudiantes deben responder desde la búsqueda bibliográfica o consultas a especialistas. El trabajo termina con la respuesta fundamentada de cada pregunta.

Otro método de trabajo académico corresponde a la discusión de un tema específico, en el cual los estudiantes realizan una búsqueda bibliográfica para fundamentar una de las dos posiciones controversiales como, por ejemplo, la producción de plantas transgénicas en el Perú, las cuales son elaboradas por el o los profesores responsables de la asignatura. Un paso previo, antes de concluir el desarrollo de este método, es que los estudiantes asumen la posición contraria a la cual estuvieron defendiendo inicialmente, de allí la denominación de controversial. También, es común el uso de debate controversial para temas con posiciones divergentes

Las herramientas que pueden utilizar los docentes varían de acuerdo a la naturaleza de la asignatura. Por ejemplo:

(a) Las pruebas escritas en base a un cuestionario de preguntas son usadas en asignaturas donde el docente considera que el estudiante debe exponer el aprendizaje en procedimientos de campo, gabinete o laboratorio. También, son usadas para evaluar el punto de vista del estudiante en donde la toma de decisiones, por ejemplo, en diseños estadísticos o diseños genéticos;
(b) El análisis de datos, es una forma de evaluar al estudiante en la medida que la información debe ser procesada y luego tabulada y expuesta para ser discutida en alguna de la sesión de clase;
(c) El análisis de documentos (artículos científicos) forma parte de las herramientas para la discusión en clase, donde el estudiante elabora presentaciones en diapositivas y discute los resultados de los autores, compartiendo la posición del análisis en el aula, bajo la orientación y dirección del profesor;
(d) Los  ensayos monográficos, que luego son presentados en forma oral, forman parte de los instrumentos de evaluación, los cuales son elaborados por los estudiantes en temas específicos asignados por el profesor del curso;
(e) Los exámenes oficiales (medio curso y final) son instrumentos de evaluación usados por los profesores para evaluar el aprendizaje de los estudiantes, el cual debe culminar en la resolución de las preguntas y respuestas posibles para el aprendizaje metacognitivo de los estudiantes.
(f) Finalmente, cuando las asignaturas tienen créditos de prácticas, los profesores asignan la elaboración de informes técnicos sobre los resultados recopilados en el desarrollo de la sesión práctica.