El egresado del Programa de Maestría en Mejoramiento Genético de Plantas tienen las siguientes capacidades:

1. Dominar la Genética, Estadística, Agrotecnia y Biotecnología. También, dominan los conocimientos vinculados al área de la Sanidad Vegetal, Botánica, Fisiología Vegetal, Bioquímica, Ecología y Recursos Genéticos con los cuales sabrán desarrollar trabajos en equipo con los especialistas de las áreas señaladas.
2. Desarrollar variedades mejoradas de especies vegetales en concordancia con las necesidades del país empleando métodos de mejoramiento convencionales y técnicos de la biotecnología.
3. Seleccionar variedades mejoradas adaptadas a la realidad local, regional y nacional en los aspectos agro-ecológicos y socioeconómicos.
4. Planificar y desarrollar proyectos y programas de mejoramiento genético de plantas de acuerdo a los objetivos de la producción de cultivos y especies vegetales nativas.
5. Participar en el proceso de la enseñanza de las materias relacionadas al programa de maestría, en la promoción de la transferencia de las experiencias de investigación y en logros obtenidos en los trabajos realizados a través de publicaciones científicas y actividades de Proyección Social.
6. Valorar la conservación y fomento del uso de la diversidad biológica, en especial de los recursos genéticos vegetales, manteniendo el equilibrio ecológico.