La UNALM ofrece el «Doctorado en Ciencia Animal» un plan de estudios de seis semestres. Los docentes del programa cuentan con una sólida experiencia en investigación y extensión. Asimismo, los estudiantes realizan trabajos de investigación en el campus universitario, comunidades campesinas, empresas privadas, entre otros. Al finalizar, se obtiene el grado de Doctoris Philosophiae (PhD) en Ciencia Animal.

El programa tiene como misión formar especialistas del más alto nivel en las áreas temáticas de genética y reproducción animal, ecología y manejo de pastizales, nutrición y alimentación animal, para contribuir al desarrollo sostenible de la producción animal mediante la enseñanza, investigación científica y generación tecnológica.

Los estudiantes de Genética y Reproducción Animal obtienen los conocimientos teórico – prácticos de las biotecnologías reproductivas, diseño y evaluación de programas de mejoramiento genético. Por otro lado, los alumnos de la orientación en Ecología y Manejo de Pastizales adquieren los conocimientos teórico-práctico necesarios para el diseño de estrategias de recuperación de pastizales, mejora, conservación y utilización sostenible de este.

Finalmente, los dedicados al área de Nutrición y Alimentación Animal obtienen competencias avanzadas en fisiología y bioquímica animal que les permite diseñar intervenciones en nutrición y alimentación animal que mejoren los sistemas de producción ganadera.