El IBBM cuenta con tres grandes áreas de investigación: Bioquímica Vegetal, Biología Molecular y Genética y Neurotoxicología Conductual. El instituto realiza investigaciones exhaustivas en el campo de la biología molecular para obtener logros en el desarrollo de la bioquímica, la fitoquímica y en el análisis instrumental, usando productos naturales de la biodiversidad andina y amazónica. Fortaleciendo así el nivel científico y técnico de los estudiantes de La Molina.

Entre otras cosas estudian los fenómenos biológicos que producen compuestos bioquímicos que influyen en el crecimiento, supervivencia o reproducción de los organismos en las plantas (alelopatía). Así como también su aplicación en la agricultura, investigaciones en la estructura genética de los camélidos domésticos (llamas, alpacas y vicuñas) usando marcadores moleculares. Profundizan la búsqueda de compuestos en plantas para potencializar los neuroprotectores en los humanos.

El encargado del instituto es el reconocido biólogo, el Dr. Jorge Chávez Pérez, quien tiene maestrías en bioquímica y doctorados en ciencias biológicas y salud pública. Él es docente de la UNALM y tiene la gran labor de dejar en alto el nombre de la universidad, tanto nacional como internacionalmente.

Convenios realizados
El Instituto de Investigación de Bioquímica y Biología Molecular, ha realizado convenios con el Patronato del Parque de las Leyendas, que permite a los investigadores alumnos, realizar estudios en las lomas que tiene dicho lugar, también se les ofrece alimentos balanceados a los animales del sitio, poniendo en práctica los conocimientos de los estudiantes.

También han tenido trabajos en conjunto con el Instituto Nacional de Ciencias Agroambientales de Japón en temas alopáticos, además dicho país otorgó donaciones que sirvió para comprar equipamiento de primera para los laboratorios. Así mismo convenio con la Universidad de Almería en España, donde se pudo obtener instrumentos para los laboratorios e implementar la biblioteca haciéndola virtual, a fin de que los alumnos puedan estar a la par  con los científicos de las grandes potencias.

Investigación
Actualmente se viene investigando plantas neuroprotectoras que permitirían combatir el alzhéimer y el párkinson en los humanos. Esta investigación es gracias al presupuesto otorgado por el Fondo para la Innovación, Ciencia y Tecnología (FINC yT) de 400 mil soles, y se viene trabajando juntamente con la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH).

La UNALM tiene la primera parte, la cual es  investigar la estructura  fotoquímica de las plantas como la quinua, muña y maca, mientras que la UPCH la reacción neuropsico conductual en los humanos después del consumo. Este proyecto durará dos años y se espera grandes logros.