La inauguración oficial fue el 22 de Julio de 1902, como dependencia de la Dirección de Fomento, siendo Ministro del ramo Don Eugenio Larrabure Unanue. El primer local asignado a la Escuela fue un pabellón del fundo Santa Beatriz, donde funcionó durante 30 años. En 1933 se trasladó al fundo de La Molina, en el Valle de Ate, permaneciendo allí hasta la fecha. La Ley Orgánica de Educación Pública de 1941 concedió  a la Escuela la categoría de institución de enseñanza superior y consagró su autonomía pedagógica, administrativa y económica.

En 1960, la Ley Universitaria 13417 reconoció a la Escuela Nacional de Agricultura su rango universitario con la denominación Universidad Nacional Agraria La Molina.

Hoy la Universidad Nacional Agraria La Molina goza del privilegio de ser considerada el centro de excelencia académica y de liderazgo en investigación en temas agrarios y ambientales, que resuelvan problemas concretos del país.

En la actualidad, los más de 5 mil alumnos molineros disfrutan de aulas totalmente equipadas, de una biblioteca que es considerada como la biblioteca agrícola líder del país, de innumerables laboratorios de enseñanza e investigación -dirigidos por investigadores de renombre internacional-, de áreas para esparcimiento,  deportes, cultura y recreación. Todo ello destinado a su preparación para ejercer el liderazgo en el complejo mundo del futuro.

En los predios de la antigua casona, localizada en el distrito de Jesús María, asiento de nuestras primeras actividades como Escuela, tiene su sede el  Centro Pre Universitario y una institución privada, sin fines de lucro, denominada Fundación para el Desarrollo Agrario (FDA) creada por la Universidad para apoyar sus actividades de promoción, investigación, capacitación y proyección social.