El Tercer Congreso Nacional de Acuicultura ha propuesto -entre otros temas- abordar la situación de la sanidad en acuicultura; biotecnología y genética; acuicultura orgánica; nutrición y alimentación; calidad en acuicultura; fisiología y reproducción; comercialización de la producción acuícola; gestión en acuicultura; ingeniería en acuicultura; acuariología; acuicultura y medio ambiente, las cuales se aplicarán a los diversos grupos de organismos acuáticos sometidos a cultivo.

Las principales áreas temáticas tendrán una Conferencia Magistral, cuyo dictado estará a cargo de especialistas de reconocida trayectoria en su especialidad, nacionales o extranjeros, quienes serán invitados especialmente por los organizadores del Congreso. Se contará con el apoyo de materiales audiovisuales como películas, videos, Cd’s todos relacionados a la acuicultura presentados por sus autores o instituciones públicas y privadas.