En el marco de la  agricultura sustentable es importante conocer las factores involucrados en el  establecimiento de sistemas de producción de cacao que contribuyen a la sostenibilidad de estas actividades en el trópico húmedo, de tal manera que se  constituyan en ejes de manejo amigable con el medio ambiente, económicamente  rentables y que permita sostener las familias de los pequeños productores de  cacao en nuestra amazonia, en base a nuestros resultados se presentan algunas  recomendaciones:
     
      
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          Realizar  investigaciones sobre los sistemas de producción que predominan en nuestra  amazonia y como estos influyen en la diversidad biológica del suelo y su  entorno, en que participe el productor para un mejor entendimiento de los  sistemas. 
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          Es  necesario involucrar factores económicos que nos permitan valorar los  diferentes sistemas y su aporte a la sostenibilidad productiva del cacao en la  Amazonia Peruana. 
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          Promover  los sistemas de producción de cacao que involucren la menor alternación del  habitad natural del bosque a fin de conservar y sostener el sistema en el que  la actividad de la micro y macrofauna sea eficiente en el reciclaje de  nutrientes para una mejor productividad de cacao. 
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          Estudiar  los demás componentes de la biodiversidad de estos sistemas de producción de  cacao como es la macro, micro y mesofauna involucrada a fin de determinar su  rol en la dinámica productiva y su efecto en las condiciones físico-químicas  del suelo que conlleven a mejores índices de calidad del recurso suelo. 
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          Las  características físico-químicas y biológicas prevalentes en la rizosfera de los  genotipos de cacao y las demás especies de plantas presentes en los sistemas.  La instalación de un nuevo cultivo dentro de un bosque secundario origina  alteraciones en la población y diversidad de hongos  y nematodos generalmente reduciéndolas y  después tiende a recuperarse con el tiempo. 
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          La  riqueza y el índice de Shannon-Weaver de hongos y nematodos del suelo asociados  al rizosfera de genotipos de cacao, decrecen, mientras que el índice de Simpson  se incrementa, como consecuencia de las modificaciones que se hacen en su  habitad natural al instalar nuevos sistemas de producción de cacao. 
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          El  presente estudio indico que las comunidades de hongos han demostrado cambios en  los sistemas INASe ITAS, principalmente después de la quema del bosque  secundario (SF), al reducir significativamente su población y posterior  recuperación por la incorporación de residuos vegetales e incremento de materia  orgánica en el suelo, durante los años de evaluación. 
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          El  cultivo de cacao y las practicas de manejo han influenciado la actividad de la  población fungosa en la rizosfera del suelo, es por ello que el sistema (SF) y  genotipos de cacao (ICT – 2142 y U-30) evaluados, variaron la abundancia de  hongos que en la rizosfera del suelo, debido a los procesos bioquímicos influenciados  por las raíces de las plantas y características del suelo. El genotipo ICS – 95  y U-30, favorecieron una mayor población de hongos alrededor de rizosfera.   
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          En  los primeros 20cm de profundidad de los suelos se dio la máxima actividad  biológica y las mejores condiciones físicas habiendo alcanzado un índice de  calidad de suelos, significativamente superior a los demás índices de calidad  logrados a mayores profundidades. 
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          Los mejores índices de calidad de suelos  fueron alcanzados por el genotipo ICT-2171 en sistemas agroforestales y el  ICT-1112 en ITAS. 
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          Los índices de calidad de suelos logrados en  los sistemas de producción de cacao durante los años de evaluación se  presentaron en el año 2004 al inicio de todo el proceso en la cual se intervino  el busque secundario y se instalo los sistemas de producción INASe ITAS,  reduciéndose la calidad en el año 2006.